Самолёт, выполнял регулярный рейс между Лос-Анджелесом и Каиром, с промежуточной посадкой в Нью-Йорке. Покинув Нью-Йорк, Боинг-767 разбился в Атлантическом океане недалеко от побережья Нантакета, Массачусетс.

Так как катастрофа произошла в нейтральных водах, ответственность за случившееся легла на министерство гражданской авиации Египта (ECAA). Поскольку ECAA не располагало необходимыми ресурсами для проведения расследования, правительство Египта обратилось за помощью к Национальному управлению безопасности транспорта США (NTSB). Расследование проводилось при участии ФБР.

NTSB пришли к заключению, что катастрофа была преднамеренной, а не случайной. В катастрофе обвиняется первый офицер и второй пилот Джамиль аль-Батути (Gameel Al-Batouti), который, как полагают американские власти, таким образом совершил самоубийство. Египетские власти эту версию отрицают, ссылаясь на неполадки в работе систем самолета и необычные атмосферные условия на восточном побережье США, что никогда не было подтверждено американскими властями.

Катастрофа рейса 990 стала одной из самых запутанных в истории современной авиации. В ходе федерального расследования, длившегося более 2.5 лет, управление гражданской авиации США установило, что второй пилот, Джамиль Батути, который не должен был находиться в это время у штурвала, взял управление на себя и и ввел самолет в пике со словами "Я полагаюсь на Аллаха", при этом препятствуя обратным действиям КВС. Причиной самоубийства могли стать личные счеты Батути с авиакомпанией.